Khi sử dụng peptide, chúng ta thường gặp phải các chỉ số về độ tinh khiết và hàm lượng peptide. Nhiều người có thể thắc mắc tại sao độ tinh khiết peptide của chúng là 95% nhưng hàm lượng peptide chỉ là 80%. Bởi đây là hai khái niệm hoàn toàn khác nhau.
Độ tinh khiết của peptide: Độ tinh khiết của peptide đề cập đến lượng peptide mục tiêu được phát hiện ở bước sóng 214 nm (214 nm là bước sóng hấp thụ của chuỗi peptide) bằng phân tích HPLC.
Hàm lượng peptit: Chỉ số này đề cập đến tỷ lệ phần trăm peptit so với các chất không phải{0} peptit trong một mẫu.
Độ tinh khiết của peptide đề cập đến hàm lượng peptide mục tiêu được HPLC phát hiện ở bước sóng 214 nm (214 nm là bước sóng hấp thụ của chuỗi peptide). Ngoài peptit đích, HPLC có thể phát hiện các tạp chất bao gồm: trình tự bị xóa (trình tự đích thiếu một hoặc nhiều gốc axit amin), trình tự bị cắt ngắn (trình tự được tạo ra trong quá trình bảo vệ) và trình tự bị loại bỏ không hoàn toàn (dẫn đến quá trình tổng hợp hoặc quá trình phân cắt cuối cùng). Tuy nhiên, HPLC không thể phát hiện nước và muối dư như trifluoroacetate (TFA) và acetate. Trong quá trình tổng hợp peptit, trình tự peptit được tách ra khỏi nhựa bằng TFA và một lượng nhỏ TFA cũng được tạo ra trong quá trình tinh chế. Do đó, đầu amino tự do và các chuỗi bên khác của peptide, chẳng hạn như Arg, Lys và His, có thể tạo ra một lượng nhỏ tạp chất TFA. Một vấn đề khác là độ ẩm. Các peptide thường được khử nước bằng phương pháp đông khô, nhưng ngay cả như vậy, nước vẫn tồn tại ở các mức độ khác nhau tùy thuộc vào khả năng liên kết cộng hóa trị. Do đó, các peptide được phân phối thường chứa muối TFA và một lượng nước mà HPLC không thể phát hiện được, do đó dẫn đến sự khác biệt về hàm lượng và độ tinh khiết của peptide.
